Zona Economică Liberă „Bălți” respectă cerințele legale de securitate și depune eforturi continue pentru a menține un mediu sigur de activitate al rezidenților și a bunurilor sale. Paza hotarelor zonei este asigurată de către întreprindere specializată de pază din Republica Moldova, în baza contractelor încheiate de aceasta cu Administraţia zonei. Accesul persoanelor fizice şi a mijloacelor de transport se realizează în baza sistemului de trecere autorizată a hotarelor zonei libere, al cărui mod de funcţionare este stabilit prin hotărîre de Guvern.
Măsurile de securitate ale ZEL „Bălți” includ de asemenea:
• Paza pe perimetrul zonei 24/24 ore, 7 zile din 7
• Post vamal pe teritoriul ZEL „Bălți”, 24/24, 6 zile pe săptămînă
• Supraveghere video pe tot perimetrul ZEL
• Acces pe bază de permise pentru rezidenți
• Îngrădire sigură a teritoriului ZEL de tot restul țării
• Încălcarea măsurilor de securitate ale zonei economice libere (pătrunderea neautorizată al personelor și întroducerea neautorizată a mărfurilor pe teritoriul zonei) atrage după sine pedepse conform legislației Republicii Moldova.