Administraţia ZEL „Bălți” este un organ de stat fondată de Guvernul RM, cu statut de persoană juridică şi care îşi desfăşoară activitatea pe principii de autofinanţare.
Administraţia este condusă de un Administrator principal, desemnat în funcţie de către Guvernul RM. Administratorul principal angajează şi concediază personalul Administraţiei, îi aplică stimulente şi sancţiuni, aprobă obligaţiile de funcţie ale subdiviziunilor şi personalului, emite ordine şi dispoziţii în limitele competenţelor sale.
Administratorul principal elaborează planurile şi programele dezvoltării de perspectivă ale zonei libere şi le aprobă după coordonarea aspectelor lor sociale, ecologice şi cele vizând extinderea infrastructurii zonei libere cu autorităţile administraţiei publice locale, Ministerul Economiei şi după caz cu rezidenţii.
Administratorul reprezintă Instituția în organele de stat şi de conducere a ţării, la întruniri, expoziţii, seminare, forumuri internaţionale, precum şi semnează contracte fără procură.